Projects & Grants
| Functional screening of fosmid libraries with regard to their ability to degrade Diclofenac and Sulfamethoxazole and metagenomic monitorong of biodegradation potential of specific microbial communits | |
|---|---|
| Project Id | SGS21/PřF/2016 |
| Main solver | Mgr. Barbora Tarabová |
| Period | 1/2016 - 12/2016 |
| Provider | Specifický VŠ výzkum |
| State | finished |
| Anotation | Konstrukce a screening (meta)genomových knihoven připravených přímo ze vzorku izolované environmentální DNA se v poslední době staly jedním z hlavních nástrojů pro získávání nových enzymů a studium jejich unikátního biodegradačního potenciálu, neboť nejsou omezeny na malý zlomek kultivovaných mikrobiálních druhů. Z celkové DNA získaných kultivovatelných bakterií degradujících farmaceutické látky Diclofenac (DF) a Sulfamethoxazol (SMX) bude zkonstruována fosmidová knihovna. Poté budou fosmidy pozitivních kmenů izolovány do jiného hostitelského kmene Escherichia coli pro ověření zachování schopnosti degradace. Sekvenace "funkčně" ověřených fosmidů budou následně analyzovány, a to s ohledem na přítomnost genů účastnících se degradace (utilizace) polutantu. Pomocí PCR metod budou paralelně klonovány kompletní metagenomické strukturní geny kódující proteiny vykazující biotransformační potenciál vůči vybraným farmaceutickým látkám přímo z izolované enviromnetální DNA. Dalším cílem projektu bude studium biodegradačního potenciálu mikrobiálních ekosystémů vůči výše uvedeným specifickým polutantům, a to pomocí cílené metagenomiky využívající sequence-based screening PCR amplikonů získaných pomocí genově specifických degenerovaných primerů. |
| Total Costs | 60 000 CZK |
