Projects & Grants

Internal Grant Competition DGC





Use of metagenomic methods for the biodiversity assessement of environmental samples with biodegradation potential and SCGE analysis of nanoparticles DNA damage effects
Project IdSGS24/PřF/2015
Main solverprof. RNDr. Kateřina Malachová, CSc.
Period1/2015 - 12/2015
ProviderSpecifický VŠ výzkum
Statefinished
AnotationMetagenomika využívá molekulárně biologické metody, které pracují s veškerou genetickou informací dostupnou ve vzorku a poskytují velké množství informací o biodiversitě. Metagenomické metody budou použity ke studiu biodiverzity získaných půdních vzorků z vybraných lokalit, přičemž bude komplexně charakterizována diverzita i četnost populací mikroorganismů. Bude provedena izolace, purifikace a detekce DNA z půdních mikroorganismů. Získaná DNA bude použita jako templát pro PCR amplifikaci molekulárně taxonomického markeru 16S rDNA a získané amplikony budou náslendě podrobeny sekvenační analýze metodou 454 sekvenování. Bude proveden funkční screening kultivovatelných mikroorganismů izolovaných z životního prostředí schopných biotransformace aktivních farmaceutických látek (Diklofenak a Sulfamethoxazol). V rámci projektu bude dále analyzován vliv průmyslově vyráběných nanočástic a environmentálních směsí na poškození DNA pomocí kometového testu. Zkouška bude realizována na živočišných buněčných liniích (lidské plicní nádorové buňky A549). Pro hodnocení oxidativního poškození bude využíván upravený metodický postup za využití enzymů FPG a Endo III. Kromě poškození DNA bude u exponovaných buněk sledována i celková viabilita (MTT test, barvení trypanovou modří).