Projects & Grants

Internal Grant Competition DGC





Vybudování transkriptomické laboratoře na Ostravské Univerzitě v Ostravě
Project IdRRC/05/2013 DT2
Main solverprof. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.
Periodr1/2013 - 9/2014
ProviderKatedra biologie a ekologie, Projekty podporované z rozpočtu měst krajských úřadů
Statefinished
AnotationCílem projektu je vytvořit na Přírodovědecké fakultě Ostravské Univerzity v Ostravě podmínky pro realizaci výzkumných projektů v oblasti tzv. transkriptomiky, tj. studia aktivity jednotlivých genů organismu a její změny v závislosti na endogenních a exogenních faktorech. Jedná se o mimořádně významnou oblast moderního biomedicínského výzkumu, pro jejíž aktivní pěstování zatím na Ostravské Univerzitě v Ostravě (OU) není plně vybudovaná potřebná infrastruktura. Významným krokem podmiňujícím možnou realizaci výzkumných projektů v oblasti transkriptomiky na OU bylo nedávné zakoupení přístroje pro tvz. kvantitativní PCR z prostředků projektu ?Institut environmentálních technologií? financovaného operačním programem Věda a výzkum pro inovace MŠMT ČR. Plnému využívání možností tohoto nákladného zařízení, jakož i jiným typům aplikací transkriptomických metod, ovšem brání fakt, že OU nedisponuje některým specializovaným vybavením a softwarem. Hlavním účelem navrhovaného projektu je proto doplnění technologické linky v Laboratoři molekulární biologie Přírodovědecké fakulty OU o: 1) zařízení umožňující rutinně stanovovat kvantitu a integritu RNA vzorků, a to nejen pro jejich zpracování metodou kvantitativní PCR, ale i pro další aplikace, zejména samotné sekvenování transkriptomů pomocí tzv. ?next-generation? technologií sekvenování nukleových kyselin (např. přístroj svými parametry ekvivalentní zařízení 2100 Electrophoresis Bioanalyzer od firmy Agilent Technologies); 2) specializovaný software (CLC Genomics Workbench) pro zpracovávání transkriptomických (a genomických) dat (spolu s počítačem odpovídající výkonnosti). V rámci realizace projektu bude na základě výběrového řízení zakoupeno výše definované vybavení a s jeho použitím bude provedena dvě pilotní transkriptomické studie: 1) studie změn v aktivitě genů v průběhu životního cyklu významného lidského parazita Leishmania mexicana; 2) sekvenace a analýza transkriptomu řasy z biotechnologicky zajímavé skupiny Eustigmatophyce